اتمهای یک مولکول میتواند از یک نوع باشد و هم میتواند از چند نوع باشد.
یک مولکول، مجموعهای از اتمهای یک مادهٔ مشخص دارای فرمول شیمیایی است. کلمهٔ مولکول از زبان لاتین گرفته شده و به معنی تودهٔ کوچکی از مواد میباشد. برای مثال مولکول متان(CH۴) از یک اتم کربن و چهار اتم هیدروژن تشکیل شده است یایک مولکول آب از یک اتم اکسیژن و دو اتم هیدروژن تشکیل شده است.
یک مولکول ذرهای است که دارای قابلیت حرکت و مستعد دادن واکنش شیمیایی با مواد دیگر است، در حالی که اتم از ذرات کوچک ثابتتری تشکیل شده و جابجایی آنها نیازمند انرژی بسیار زیادی است که برای انجام واکنشهای هستهای ضروری است.
مولکولهای یک ماده در حال جنبش و حرکت دایمی هستند. این جنبش مولکولها حرکت براونی نام دارد که برای اولین بار توسط روبرت براون در سال ۱۸۲۱میلادی کشف شده است. وقتی ماده به شکل گاز است مولکولها دارای جنبش بسیار زیاد هستند و فضای بین مولکولها زیاد است. در حالت مایع فضای بین مولکولی کمتر و جنبش مولکولها نیز کمتر است. در حالت جامد مولکولها به صورت منظم چیده شدهاند و دارای چرخش به دور یک فضای مشخص هستند. دمای یک ماده نشانگر میزان جنبش مولکولهای آن ماده است.
نیروی واندروالسی نیروی ضعیفیست که عامل جاذبه بین مولکولهاست.
مولکولهایی که دارای اندازهٔ خیلی بزرگ هستند و حداقل از چندین هزار اتم تشکیل شدهاند: مثل پروتئینها، اسیدهای نوکلئیک و کربوهیدراتها
فلزات از دستهای از اتمهای مرتبط با هم تشکیل شده که دارای پیوند فلزی باشند.
ترکیبات یونی مجموعهای از اتمهای دارای پیوند یونی میباشند.